「iCloudバックアップデータ」の“アプリのデータ』は、基本的には設定も含めて全てです。 ただし、アプリによってはアプリ運営会社（アプリデベロッパー）内のサーバ、あるいは他のクラウドサーバ（OneDrive、Google Driveなど）にデータを保存している場合がありますので、この場合は対象外になると思います。