官公庁など公共機関だと問題になりそうですが、一般の会社であれば実費精算か否かによります。
一般的な大企業、中小企業であれば、通勤費は定期代相当額(バス含む)を支給するだけというのが一般的です。
節約のために自転車通勤するか否かは個人の自由です。
自転車通勤でも自転車買わないといけないので。
しかし、申請する時に、通常バス代が支給されるところを「私は歩く」と申請したら交通費補助が少なくなります(うちの会社の場合)。
なので皆、公共機関を使う体で正しく申請します。
ただし、多くの会社では、通勤も就業と同じであり、即ち通勤中も会社の管理下にあると考えるため、通勤方法は会社に管理されます。
したがって、電車通勤すると申告しておいて、自動車で通勤して事故になったら労災になるかならないかの問題が発生し、最悪会社から訴えられるでしょう。
ひと駅分を健康のために歩いた程度であれば、事故のリスクは低いため、認められると思います。