食べても大丈夫です。 うちでもそういうのがたまに出来ます。 原因はよく分かりませんが、有機質の堆肥や肥料などが土と一体化してなかったか、化成を使っているのであればそのムラがあったとか。あと、土壌が乾燥過湿を繰り返したりするのが怪しいかと思います。 プロのクレバーパイプ栽培のジネンジョなどは、パイプの中に詰める土は山から掘り出したおよそ養分のない土を入れます。そうしないとキレイな肌の真っすぐなものが出来ないそうです。肥料は上から軽く撒く程度らしいです。 ナガイモやジネンジョなどは、養分を吸収する根は地表近くの茎のようになっている部分から集中して出てますね。いわゆる芋の部分から出ている根は水分だけ吸収すればいいのかも知れません。 考えてみれば自然界の山の土は、表面付近は栄養豊富ですが深くなるほど養分がなくかつ無機質ですから、そういうものかも知れません。