スマホ携帯電話と基地局との間をつなぐ電波には、JJYで校正された時刻情報が重畳されているので、基本的にはとても正確なはずです。よって、スマホ携帯電話側に問題があるとすれば、この電波とスマホ携帯電話の内部時計との校正がされない設定になっているか、スマホ携帯電話がwifi専用になっているか、などが考えられます。あとは、スマホ携帯電話の故障でしょうか。
一方、列車側の時計がどのような設定になっているかは、不明です。電波時計やGPS時計ならば、自動的に時刻校正するはずなので、時計の故障が考えられます。電波時計GPS時計といっても、日に何回かの時刻校正をするだけであり、その校正点間は、時計の持つ精度に依存します。クォーツ時計ならば実用上問題はありませんが、安価なLC発振時計だと少なからず狂います。また、電波時計やGPS時計でない時計でも、正時時刻校正機能はあるはずですから、その場合は単なる校正のし忘れが考えられます。