古事記、日本書紀というのは、口伝で残る伝承を書き起こしたものです。 創作の小説ではありません。 日本に本格的に文字が普及したのは、仏教伝来と同時期の5世紀半ばで、仏典の漢字とセットになっての普及です。 最古の古墳（天皇の墓）は3世紀なので、皇室は漢字の普及以前からあり、その頃は文書記録も無かったのです。 古事記は国内向けで、日本書紀は海外（主に中国）向けの政府文書みたいなものです。 天皇が男系男子であるのは、経験則と思われます。 例えば、欧州の王室は親戚関係にあります。 英国は一時期まで国王は男だけでしたが、女王を認めるようになってからは、王位継承について他国（の王室）から干渉されるようになりました。 その事例を考えれば、皇位の継承が最悪他国などから干渉されるのを避けるためと考えるのが妥当です。