木ねじのねじ山が切ってない部分は何のため？

木ネジのネジを切っていない部分を円筒部と言います。
ネジには、ネジが全ては切っていない半ネジとネジが全部切っている全ネジがありますが、
多くの木ネジは半ネジのタイプになっていますね。（全ネジタイプもあります）
円筒部は通常は、ネジの長さの1/3です。
ネジのサイズが大きくなるほど、円筒部も長くなるということですね。

で、このネジが切っていないことで、2つの木材を締め付けるのに役立っています。
もし、全ネジで木材同士をとめようとしても、
お互いがネジ山の影響を受けて締め付けが出来ません。
下に図を添付しました。
この絵の上側にある板厚と同じ程度の円筒部のある木ネジを使うと、
上の板はねじ山の影響を受けずに下の木材と強固に固定できますね。
組み立て家具などは、上の板に予め円筒部より直径が大きい穴が開いていたりします。
これも、容易に下の材と締め付けが出来るようにしている工夫です。
ですから、DIYで使う場合も下穴を作ることは重要な前作業なんですね。
これによって板材が割れることも防げます。

ということで、このネジが全部切っていない木ネジを使う場合は、
【下穴を開けて、板厚に見合った木ネジを使う】
ということがコツですね。

他の方の回答は 半ねじの説明で木ネジの説明じゃないです。
質問者の質問の答えになっていないと思います。
木ネジの上の方がネジ山がきっていない理由ですが
まず木ネジは先が細く頭の方が太くなっています
テーパー加工といいます。んで頭の方のネジ山が切ってないのは
そこがテーパー加工のため最も太くなっているために
母材との間で摩擦を発生させてゆるまないためです。
先と頭の方が同じ太さのネジをタッピングといいます。

２枚の重なった木を木ネジで絞めて行くとき、下板と上板は全く同じにネジが進むことが難しくなります。

如何しても頭に近いネジ溝は太くてシッカリしていますが、先端の方は若干軟弱になっていてます。それで、２枚貫通させてネジを捻じ込んで行くと、上板の太い方がネジが終了し、それ以上は回すことができなくなっても、下板のネジ先端が奥く深くに捻じ込めなくなります。そうなるとピッタリと重なる予定の２枚の板には隙間が出来て終います。

根元の太いネジを「少なくする」と全部入りきっても、なお、下板のために滑って（空回り）、さらに、捻じ込める様に工夫がしてあります。
金具など既に穴が開いている物を取り付ける場合は、全部にネジ溝が付いているネジで良いのです。

例えば、角材に板を取り付けるとき、
最初角材と板の間に隙間があったとします。
ねじをもむ（すすめる）でいっても、その隙間は残ったままになりがちですが、
ネジの山の無い所まで行って、さらにすすめると、隙間がなくなって、密着する動きになります。
説明がへたですみません＾＾；

他にネジ山の無い部分の活用法はいろいろありますが、その部分にあるものは「空回りする」って事を
踏まえて利用すればいいと思います。