確定申告書を2枚出した、ということなんですか？ 本来は仮想通貨の分と株の分とを合わせて1枚の確定申告書で申告しなければ なりませんでした。 期限内に複数の確定申告書を出した場合は最後の申告書のみが有効となります。 1回目：仮想通貨の申告 2回目：株の還付申告 という順で出していたのならば、1回目の申告書は無効となり、納めた税金は誤納ということで還付されることになります。 誤納金の還付の際にはふつうは税務署から何か連絡があると思いますが・・・（どこの口座に返金したらいいですか、とか） なお、この状態だと仮想通貨の分が申告漏れになっている、という状態なので、修正申告が必要かと思います。