Mac(Montery ver.12.5, M1 Pro, 16GB)のターミナルでのdry解析について教えてください。 現在,Trinityを使ってRNA-Seqのデータから転写産物をアセンブルしたいので練習しています。 現状,以下までエラーなどなく流れが進んできました。 javaを入れた→miniconda3を入れた→Trimmomaticでトリミング?した。 次にTrinityでpair end readしたものをアセンブルしようとして,以下のように入力したところ,エラーが発生しました。 export PATH=$usr/miniconda3/bin:$PATH RunDir=usr/run/folder for DATASET in A B C do Trinity --seqType fq --left $RunDir/${DATASET}_1.trinity.fq.gz --right $RunDir/${DATASET}_2.trinity.fq.gz --CPU 8 --max_memory 16G --output Trinity_${DATASET} done Error, do not understand options: --max_memory 16G at ./Trinity.pl line 176. Error, do not understand options: --max_memory 16G at ./Trinity.pl line 176. Error, do not understand options: --max_memory 16G at ./Trinity.pl line 176. Error, do not understand options: --max_memory 16G at ./Trinity.pl line 176. GitHubで似たようなエラーの質問を見つけ,javaの更新を行ってみましたが状況は変わりません。 初学者すぎて,どのように質問すれば良いのか,どこまでの情報を載せれば良いのかもわかっていません。 どなたか解決に向けたヒントをいただけないでしょうか。 必要な情報がございましたら,載せるようにいたします。 どうぞよろしくお願いいたします。
プログラミング