退職届を提出する必要はないと思います。 就業規則で長期休職を理由に退職と定めているのなら、会社が適切に退職処理をする筈です。 他の方の実体験というコメントも見受けられますが、私の実体験はこの方とかなり異なります。事情が異なるからかも知れません。 適応障害で、もう3年以上休職してます。私の場合はパワハラが原因の適応障害です。労災が認定されました。従って解雇制限がかかり長期間の休職に至っています。 労災認定前は会社がパワハラはますいと思ったのかやたら「休職届」を出すように求めてきました、これを出すと自己都合の傷病になりますから当然に提出しませんでした。就業規則では休職が続くと退職になる規程があるので、この適用を狙ったとも考えられます。 恐らく、会社は何ら対策がなく長期休職中の従業員を退職に持っていけないのだと思います。そのため会社に都合の良い「退職届」が欲しいのでは、「頑張って治療して復帰を目指します。ご迷惑をお掛けしますがもう少し時間を頂きたいと存じます」と文章で（メールでも可）回答するのは如何ですか。必ずコピーは手元に残してください。 会社は「会社都合の退職（解雇）」以外選択枝がなくなりますから、そのまま休職となるか、会社都合の退職となります。 在籍していれば健保の傷病手当金が受け取れます。会社に迷惑をかけている等と考えずに、絶対に「退職届」を提出しない事をお勧めします。 迷惑をかけたと思われるなら復帰後に頑張れば良いのでは。