婚姻届が出てさえいれば、住民票はどこでも、別居でも、 夫婦どちらかの方に、もう一方を扶養に入れれば、配偶者控除を受けられます。 単身赴任先に住民票を持っていっていても、大学進学先に子の住民票を持っていっていても、 世帯主➕被扶養者、という関係は変わらないからです。 別居婚、というのが、内縁関係の事実婚、であるときには、 配偶者控除を受けるには、 事実婚を証明する何か(家計簿とか通帳とか)を、会社の庶務に示す必要があるでしょう。