線画の色を変える方法はいくらかあると思います。 この動画でメル先生がどうやっているかはよく見えませんが、簡単な方法で自分がよくやる方法ですと、線画を描いた上に新しいレイヤーを作成し、新しく作ったレイヤーを選択し、下のレイヤーでクリッピングにチェックマークを入れます。すると、したの線画がある部分しか新しく作ったレイヤーに色が付けれなくなるので、そこで塗りつぶしでもすれば線画の色を簡単に変えることができます。