結論から言いますと、「能島村上の末裔である可能性はかなりある」と思います。 理由は次の通り。 〇ご先祖の出身地が村上水軍に縁の深い地域ということ 〇家紋がかなり似ており、原型が同じと推測できること。家紋というのは、常に進化（変化？）しているものです。 原型から、少し手を加えて変更することは珍しいことではありません。 あと、①～⑤の質問については、次の通り。 ①② 家紋については、上記のとおりです。まずは、原型が同じと推測できます。 ③ 中世には、主人が家来に自らの姓を与えることはよくありました。 秀吉や家康も与えていますし、江戸時代の多くの大名は徳川家より松平姓を与えられているぐらいです。村上武吉なども、家来に村上姓を与えていた可能性はあります。 ただ、このように与えられた姓は特別な時に使われるのが普通で、普段は本来の姓を使っていたと思います。 ④ あります。特に能島村上は、色々と紆余曲折がありまし、当時の水軍の兵はもともと普段は交易や漁業・農業をしていましたから、多くの人がむしろ土地に残り、水主や漁業・農業で生計を立てる道を選んだものと思われます。 ⑤かなりあります。 (補足について) ○檀家だったお寺への確認 かなり古い記録になりますので、お寺側に存在するか、あっても記録をすぐに出せるかという問題がありそうです。まずは、お寺に電話して相談するのがいいと思います。 ○費用について お寺側に明確な料金設定などないでしょうから、気持ちが伝わる程度のお礼をするのが良いと思います。 ○記録に村上の名前がない場合 私はむしろ、村上の名前が書かれていない可能性の方が高いと思います。江戸時代は、武士階級以外は公に苗字を言えず、先祖伝来の苗字は家紋と同じで、非公式に代々伝わったものですから。したがって、お寺の記録に村上の苗字がなくとも、村上水軍の子孫ではないとはなりません。