キノコはどうして 毒 の有無が存在するのでしょうか？

今のところ偶然ヒトにとって毒になったものがほとんどだと思います。

補足
動物が毒を検知する方法は3つほど…

・味覚や嗅覚による直接的な判断
毒キノコの中にも虫や動物に食われているものがあり、この方法での防衛は成立してないように思えます。

・連想
毒を直接感じることができなくても、毒＝赤という本能的な記憶があれば、赤を見る事で毒を検知します。
wikiにはベニテングタケが警戒色の例で載ってました。
http://www.google.co.jp/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&ca...
とはいえ警戒色は、毒をもっているという前提下で、色などを派手にした方が"さらに"生存率が上がる、という程度です。まずなぜ毒をもったかはここからは分かりません。

・学習
毒を食べてひどく辛い思いをしたりすると学習することがあります。しかし、数時間たって症状が出ても、キノコとの関連性が分かりません。刺激性に乏しく、遅効性であるキノコ毒は、防衛に不適です。実際、他の動物に食われてるキノコが多いのもその証拠です。

このように、防衛目的ということで考えると、おかしな点が多く見つかります。
ひょっとすると、他の回答にもある通り"偶然"ヒトや他の動物にとって毒になってるだけなのかも知れませんね。
一般的なキノコの「本体」は地下にある菌糸なので、上に出た子実体(キノコ)1つ食われたくらいではあまり生存に影響なく、前記のような淘汰圧がかかりにくくなっているのかもしれません。(それでも、子実体は胞子を散布する役を担うので、食われない方が生存率が上がりますが。)
また食菌の中にも、毒成分をわずかに含んでいるものが多いです。
毒キノコだけが特別毒成分を持ったのではなく、偶然毒量の多いもの、あるいは毒成分を持っているものをを毒キノコと呼んでいるのかもしれません。全て憶測です。

人も動植物も２０種類のアミノ酸が組み合わされて出来ています。自分以外のタンパク質が、体内に入ると、自分のタンパク質と結合して、別なタンパク質になるので、自分の体を維持できません。そのため、色々の拒否反応が現れます。
下痢する毒キノコを食べると、小腸から、吸収されないように、腸液を沢山出して、体に毒が入らないようにしています。（ツキヨタケ、カキシメジ、クサウラベニタケ）
アミノ酸が、少しだけの化合物は、間違えて、体の中に入ることもあり、作用します。塩化リゾチーム（卵白由来のアミノ酸の化合物）は、抗炎症作用をあらわします。アマニチン（ドクツルタケ、タマゴカケモドキの毒成分。８つのアミノ酸化合物）は、体内で、複製されて、５日目に、肝臓と腎臓の壊死を起こして死にます。