今朝「熱が39度でたので、（会社を）休みます。」と言って仮病が成功したのはいい...

その上司には間違いなく嘘がばれているか、ばれないまでも相当に疑われていますよね。
であるならば、このピンチの乗り切り方は、明日はいつもより早く（少なくとも上司よりは少し早く）
診断書を持たずに会社に行き、上司と二人だけの時間をもらってください。

その上で、
「すみません。仮病です。本当に弱くて申し訳ありません。今後一切、仮病は使いません」
と約束してみたら、いかがでしょうか。
上司がそこそこの上司だったら、きっと許してくれると思いますし、
もっといい上司だったら、何で会社に来たくないのか？など心情も聞いてくれるかも知れません。
少なくとも直属の上司に「仮病を使う奴」だと疑われている状態が続くのは仕事上のあらゆる面で
マイナスです。仮病を使ったことがあるが、改心し、正直に申告し、その後はまじめに出社している奴、
と思われた方が、数段よいです。
そして、あなたは今後は絶対に仮病を使わないことです。

嘘が見破られたのですね。
こうなったら仕方ない、病院に行って「兎に角頭が痛いんです、風邪だと思います」と言ってみて下さい。
うまくゆけば風邪にしてくれるかもしれないし、あるいは「病名・頭痛（本人申告）」という分ったような分らないような診断書を書いてくれるかもしれません。
但し、診断書は５千円位掛かります。

診断書に体温までは記入しませんから、とりあえず受診して診断書をもらいましょう。
ただ具合が悪くないのですから、どういう診断が下るか…。
頭痛などは自己申告でしか分かりませんから、そういう診断書なら出るかもしれません。

もし今回乗り切れたら、仮病はやめましょう。
たぶん、上司はあなたの仮病を分かっているか、言葉を信用していません。