もののけ姫公開時の1997年からハンセン病を描いたと言ってますよ。 別に隠された設定でもなんでもなくて、当時のアニメ雑誌やパンフレットで確認できます。 宮崎駿はもののけ姫の構想を練りながら、国立ハンセン病療養所に何度も言ったと当時から発言しています。 というかもののけ姫の主題が『ハンセン病患者をかくまう製鉄所（たたらば）が舞台』という設定ですので特に隠された設定でもなんでもなかったです。