ニーアレプリカントOPの時点で
「世界を滅ぼすレギオン」か「拒めば塩になる」白塩化症候群に感染するの2択が迫られて住める状態ではありませんでした
ゲシュタルト計画は魂と肉体を1度切り離してコールドスリープさせて白塩化症候群が落ちつくまで違う場所に移動させる計画でした
勿論魂だけ取り除くとレギオンが来た時に不自然なので仮の器=レプリカント体を設置します。
ゲシュタルトヨナは身体が弱く冒頭のOPで黒の書に触れてしまい既に崩壊体になっています
(ゲシュタルトニーアは運良く崩壊体から免れてチュートリアルに進みます)
ゲシュタルト体が魔素が無くなったりして何かしらのエラーを迎えるとレプリカント体であるレプリカントヨナも黒文病が発症します
カイネに取り憑いたマモノ、テュラン(由良正義)=レプリカント体が破壊されレプリカント体にすら戻れないパターンもあります
ゲシュタルト体が崩壊体になったものからレプリカント体を作ると100%の確率でレプリカント体側で黒文病が発症します
ヨナは初期のゲシュタルト計画実験組の為100%黒文病が発症します(ニーアには伏せられてました)
ゲシュタルトニーアはオリジナルの魔素を生み出せる唯一の個体でしたのでゲシュタルトヨナを無償でコールドスリープさせる代わりに何百万もの人間を崩壊体にさせないぐらいの大量の魔素を無償で提供しました(他の人達は多額のお金を積んでコールドスリープ化、貧乏人はコールドスリープは出来なかったのでお爺さんが飼っていた犬をコールドスリープさせてお爺さん死亡→犬のレプリカント体が崩壊体になる描写があります)
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1000年以上経過してもゲシュタルト計画で1度発症した崩壊体を元に戻す方法は確立されておらず魔王ニーアはレプリカントヨナを誘拐します
ゲシュタルトヨナ(魂)とレプリカントヨナ(肉体)を一つにしてオリジナルヨナにしようと目論見ましたがゲシュタルトヨナが自我を持ってしまったレプリカントヨナを思い死亡
本来はレプリカント体は自我は持たないでNPCの様に与えられた役割を果たすだけでしたがレプリカントニーアが白の書と接触し自我を持ち行動をし始めたのが不味かったのです
暴走した魔王ニーア(ゲシュタルトニーア)をレプリカントニーアが倒した事によりゲシュタルトニーアが居なくなり安定して世界中に魔素を供給出来なくなりゲシュタルト計画自体破綻しました(ニーア一人の手で人類が滅ぼされました)
オートマタではヨナのゲシュタルト計画関連の実験記録が三週目ラスボス手前の塔の図書館でハッキングすると読めます