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現在環境系の研究室にいるM1です。 私は群集動態に関する研究をテーマにしており...

daituraiさん

2019/11/2002:00:03

現在環境系の研究室にいるM1です。
私は群集動態に関する研究をテーマにしており、サンプルが一通りそろったため、Rを使った解析を進めようと考えています。

nMDSとクラスター解析を使用したいと思ったのですが、それにはパッケージのveganが必要らしく、パッケージをインストールする際にveganを探したのですが見当たらずに困っています。中間発表まで時間がなく、何とか読み込みまで成功して、解析をかけたいので、皆さんのお力を貸してください。研究室の共用PCにはパッケージにきちんとありますが、やはり、自分のPCでできるようにしたいです。
・インストールの欄にveganがないけどveganを取り込むには、あるいは何が原因でveganがな く、何をしないとインストールできないのか
・無事解析がかけられるようにするために読み込みまでの手順
・vegdist関数について
以上3点を教えてください。
Rを使う身でありながら私はRの専門言語が分かっておらず、ディレクトリとかという言い方も地味に調べています。また、OBの先輩の残したデータがあるのですが、だいぶ前の先輩で聞くことは難しいです。
長文になりましたが、よろしくお願いいたします。

補足R自体を一度アンインストールしてまた、新たにインストールしてパッケージのインストールの一覧を見たら、veganは見つかり、インストールをしましたが、また別の問題が発生しましたので、別途で質問させていただきます。

vegan,ディレクトリ,パッケージ,vegdist関数,群集動態,vegdist,多変量

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ori********さん

2019/11/2012:46:08

nMDSもクラスター解析も多変量解析です。veganパッケージは有名ですし、どちらもネットで調べたらいくらでもコードが落ちてます。それを見ながらするのが早いです。

データをどこかのディレクトリにおいて、setwdでそのディレクトリを指定したら読めるはずです。データはcsvが一般的と思います。vegdistも調べたらいくらでも出てきます。まずは人のコードをみながら考えてみてください。

英語のほうが詳しい単行本が出ていますが、それを読む時間はありますか?

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