やりやすいのはサンプラーに入れることですね。素材の音をシンセの音色のように扱うことができます。 音MAD作者はREAPERを使っていることが多いですが、REAPERではオーディオファイル一つひとつの音程を変えることができます。少々面倒ですがこの方法でもできます。 あと思いつくのはリズムだけ並べて、Melodyne等で音程を弄って……という方法くらいですが、あまりやってる人はいない気がします。