根粒菌が植物の根にとりつくことは一種の感染ですから、通常の植物にとっては防御対象となります。マメ科植物では、根粒という、根粒菌を固定してむやみに侵入・増殖しないように調整するシステムを使って防御反応を回避するようになっています。共生ではありますが、共生するためにはお互いに相手を選ぶ必要があるということだと思います。