追記:アニメ2期序盤では聖域を作った目的はエキドナが不老不死の実験をするためだと言われてましたが、真相はヘクトールの襲撃に備えることがメインの目的でした。実際に不老不死の実験も行っていましたが、エキドナは嫉妬の魔女に呑まれ、失敗に終わり、リューズ複製体を生成する仕組みだけが残る結果となったわけです。ハーフを集め、ハーフ達のマナを土地に慣れさせることで徐々に結界を張る予定だったのが、ヘクトールが襲来したことにより急いで結界を張るためにメイエルのオドを用いて結界を張ったということです。ハーフを閉じ込める結界がどうしてヘクトールに効果があるのかは明かされてません。
聖域の結界を張った本当の理由はヘクトールの襲撃に備える為。ヘクトールの目的や聖域の効果(どうしてヘクトールから守れるのか)、ヘクトールとエキドナの関係性などは全く明かされてません。
崩壊の理由というか崩壊の始まりとは、エミリアの第一の試練クリアやスバル達の行動が聖域を崩壊させる始まりであるということです。崩壊が始まるだけでまだ崩壊してません。