一般的にflightradar24等の情報サイトは、飛行機から発せられるADS-Bの信号をキャッチしてそれを表示しています。
ADS-Bは、航空機の空中衝突を防止する目的で装備されているので、基本的にはONにされています。
ADS-Bからは、機体のコード、高度、速度、上昇降下等の非常に細かい情報を出していて、それをシステムで処理して表示されています。
民間機の場合はほぼすべての情報を出していますが、軍用機はこの情報を全てだしておらず、限定的な情報だけ出していたりするので、表示に差が出ます。
ただし、flightradar24はかなり特殊で、各方面から軍用機は表示しないようにと要請があったので、意図的に表示していない事が多いです。
最近は、フィルター機能がゆるいのか表示されるようになっています。
また、flightradar24のシステムが信号を判別できず、不明機として偶発的に表示されている場合も多いです。
当然ながら、自力で受信システムを作って受信すると、表示されない軍用機の信号もキャッチ出来ます。