既にほかの方が回答していますが、FFFTPというのはFTPソフトです。 ローカル環境にあるファイルなどを、Webサーバーにアップロードするために使うものであって、FFFTPそのものがサーバーではありません。 どこかのWebスペース、プロバイダーのホームページスペースなのか、無料サーバーなのか、有料のところを利用しているのか知りませんが、どこかと契約して最初のサイトを作る時にFTPのIDとパスワードを設定したはずです。 同じ場所に同じ名前のファイルを複数置くことはできません。 このため、最初のサイトにindex.htmlがあったとして、2つ目のサイトにもindex.htmlがある場合、同じ場所にアップロードすると、最初にあったものが後からアップロードしたものに上書きされて消えてしまいます。 そのためフォルダーを分ける、あるいはマルチドメインが可能なところなら別途独自ドメインを取得するとか、複数のサブドメインを貸してもらえるならその申し込みをするとかして、データの置き場所を最初のサイトと変える必要が出てきます。 質問者の手元は第三者には見えないので、どこのサーバーをどのような状態で使っているのかは質問者が書かないとわかりません。 それを説明できないようであれば、身近なこの手のことがわかる人に見てもらうなどするしかないように思います。 現在の質問の仕方では欲しい回答は貰えないと思います。