ヘボン式にもいろいろなバリエーションがあり子供は混乱しかねませんし、音韻を勉強するには訓令式の方が適しています。外国人にも訓令式の方が分かりやすいでしょう。
世界的(ローマ字を文字として使わない言語の国の間)に見ても、ヘボン式のような発音重視タイプより訓令式のような音韻重視タイプの方がメジャーです。
例
タイのスワンナプーム空港は
Suvarnabhumi Airport
と綴ります。スヴァーナブフーミとは読みません。スワンナプームと読みます。
ミャンマーのアウンサンスーチーさんは
Aung San Suu Kyi
と綴ります。これをオーンサンスーキーと読んだら無教養であることが一発でバレます(^^;)
ローマ字を国語に使う国でも、アイスランドのレイキャビクは
Reykjavík
と綴ります。リークジャヴィックとは読みません。レイキャヴィークと読みます。
このように、ローマ字で書かれているからといって英語読みをしないことは英語ネイティブの間でも常識なので、訓令式ごときに外国人が苦労する姿はなかなか思い浮かびません。
それにヘボン式は発音重視タイプではありますが、やはり日本語の発音とはかけ離れており、富士山 Fujisanなんて訓令式のHuzisanの方がまだましなくらいです。それなら、訓令式の方が潔い気もします。
私は訓令式の方が国際的で未来的だと感じます。あくまで個人の印象ですよ(^-^)