前髪と目の関係でしたら、その作業をせずともわりと簡単にできますよ。 目だけをレイヤーセット内ですべて（線画も塗りも）仕上げて それを髪の着色レイヤーの上下に配置して 上にある目のレイヤーセットの不透明度をさげればいいです。 ●目のレイヤーセット（複製）不透明度を好みで下げる ●髪の塗りレイヤー ●目のレイヤーセット という具合です。 目だけを独立させ仕上げるというのがポイントです。 **************************** 服については塗りのときに気をつければそれっぽく見えます。 肌が透けているように見せたいなら、服と肌の境界付近を 若干肌色っぽく色をのせれば服から肌が透けているように表現できますので。 髪についてもそうです。 顔周りの髪の色に肌色をうっすらのせてあげれば透明感が出ますよ。 **************************** 本題については、髪の塗りレイヤーのサムネイルクリックをすると、髪部分の選択領域が指定でき、その状態で、瞳の線画を作業レイヤーにして、切り取り＆貼り付けすれば、髪と重なった部分の瞳の線画を別のレイヤーにできるので、そのレイヤーの不透明度をさげれば、髪にかかった部分だけ薄くできるという仕組みです。