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アライグマを特異的に検出する、あるいは電気泳動の段階で他の哺乳類と識別可能な...

リョウさん

2020/5/1818:00:02

アライグマを特異的に検出する、あるいは電気泳動の段階で他の哺乳類と識別可能なプライマーはありますか?
また、そういったことはどのような方法で知ることができるのでしょうか?

どなたか教えてください・・・

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2020/5/1912:46:12

以下の方法でプライマーの配列が得られます。

1. キーワードProcyon lotor[TI]でNCBIのタンパク質を検索。アライグマのタンパク質の配列をまず得ます。リストを得たらFASTAでセーブ。MHCや高度保存タンパク質など要らないタンパク質をFASTAファイルから除きます。

2.BLASTPにかけます。結果をダウンロードして、相同性が低いタンパク質を数個得ます。

3.そのタンパク質をコードする核酸配列のリンクを得て、PRIMER BLASTでプライマー設計をします。

4.最後にねんのために他の生物の遺伝子に3'側で部分ハイブリダイズしないことを確認します。

できあがり。

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