それぞれの予約方法に部屋数を割り当てているケースか、ホテルの予約係の管理タイムラグのどちらかだと思います。
予約受付と空室管理の方法は宿泊施設によってマチマチですので、すべての宿泊施設で共通するわけではありませんと前置きした上で。
ホテルの公式ホームページと、じゃらん・楽天トラベル・一休などの予約システムを
①連動させていない宿泊施設
②連動させている宿泊施設
の2パターンがあります。
では、実際にどうやっているか。
①-1、連動させていない宿泊施設・・・ホテルの人が手動で管理する
例えば残り2つの空室がある場合、ホテルの人が「あと2室あるから、公式ホームページでも空室2にして、じゃらんでも空室2にして、楽天トラベルでも空室2にして・・・」と手動で空室を登録して、「あ、じゃらんで1室予約が入ったぞ!公式ホームページでも空室1にして、じゃらんでも空室1にして、楽天トラベルでも・・・」と管理するケース
このケースで満室の場合、例えばじゃらんでキャンセルがでると、じゃらんでは即座に空室1が反映されるのですが、予約係りがじゃらんの空室を認識して他のサイトに空室を反映させるまでタイムラグが生じます。このタイムラグの間にサイトを見比べると、一方のサイトでは空室ありで、別のサイトでは満室となっています。
この方法は効率よく集客ができる反面、タイミングによってダブルブッキングになってしまう可能性があります。(通常は残室わずかになると、特定のサイトや電話でしか予約を受付けなくしてダブルブッキングを防ぎます。しかし、稀に同日に大量の部屋の予約が同じタイミングで行われたりするとダブルブッキングになります)
①-2、連動させていない宿泊施設・・・予約サイトごとに部屋数を割り当てる
例えばホテルの全ての客室が10室あるとして、じゃらんには5室、楽天トラベルには3室、ホテル公式には2室とか言うように各サイトごとに予約を受け付ける部屋数を割り当てるパターン。このパターンはホテル側としては、機会損失が発生する可能性がある一方で、①-1パターンのように手動管理する手間が省けるしダブルブッキングの危険性も回避できるメリットがあります。
各サイトごとに部屋を割り当てるので、ご質問のケースのようにホテル公式では満室だけど、じゃらんでは空室ありだったりします。
②連動させている宿泊施設・・・ホテルが予約管理統合サイトを利用する
ダブルブッキングは防ぎたいけど集客は効率よく行いたい、そんなときは予約統合サイトを使う宿泊施設も多いです。ホテル公式サイトも含めて、じゃらんや楽天トラベルでの空室管理を統合して行ってくれます。例えば、残りの空室2室で1室の予約が入った場合、ホテル公式サイトの空室情報も1室、じゃらんの空室も1室、楽天トラベルの空室情報も1室、とまとめて情報を更新してくれます。しかしながら、この予約統合サイトの使用料は無料ではありませんので、利用しない宿泊施設も多いです。
ということで、今回は①-1か①-2のパターンだったため、公式ホームページではそのプランが満室状態で、予約サイトの方ではそのプランを予約することが可能みたいな状態が発生しているのだと思います。
もし同じプランでも公式ホームページから予約したほうが安いとかの場合、宿泊施設へ電話してお願いすると対応してもらえることがあります。