いいえ、鬼殺隊の隊服は基本的には男女問わず同じ形のパンツスタイルなので、そこに男女の差はありません。
蝶屋敷の女の子たちはあくまで看護補佐がお仕事で戦いには出ないので、白いワンピース、というだけ。
同じ蝶屋敷でも、アオイちゃんはズボンの隊服です。
一部にズボンではなくスカート風のものを着用している人もいるのは、隊服を作る担当部署のスケベな隊士が自分好みの女性隊士には勝手に改造隊服を渡しているか、もしくは個人の好み、というだけです。
恋柱の蜜璃ちゃんなどは、そういう『隊服を作る担当が勝手に改造したものを、みんなこういうのを着ています、と言い切られて、それを信じてしまった』という理由でスカート風のものを着ています。
カナヲもキュロットスカートの隊服ですが、まあ彼女も初期の頃は自分のことには無頓着だったため、あまり深く考えずに与えられたものを着ている…というくらいかと思います。