ネイティブ脳は頭から訳すので Im on a bus traveling ワタシはバスに乗って旅行中です through deserts between Kerman and Yazd ケルマンとヤズドの間 の砂漠を通り抜けている when we pull over to a checkpoints. その時って我々は 検問所に停まっている つまり、わかりやすい日本語にすると 検問所に停まっている時は、 ケルマンとヤズドの間の砂漠を通り抜けて バスに乗って旅行中です⇒検問所に停まっているのはケルマンとヤズド の間の砂漠を通り抜けてバスに乗って旅行中の時です。 がわかりやすいかと思います。