あまり詳しくないのですが、昔少し勉強したことあるので、知ってる範囲で回答したいと思います。
たぶんほとんどの漫画家は、9割方伏線までしっかり設定やストーリーを決めてから書き始めると思います。
まず、大まかな設定を作ります。
世界観、主人公の特徴や性格、主人公の立ち位置や所属、周りの人物設定。
この辺を固めたら、簡単な文章でドラマの台本みたいに書いていきます。
ストーリーの作り方は、3パターンあって、
・時系列準に順番にエピソードを作っていくタイプ。
・エンディングから決めて、後ろから辻褄が合うように冒頭まで遡って作るタイプ。
・思いつくまま、断片的なエピソードを数多く揃えて、それを並べてストーリーを決めるタイプ。
が、あるそうです。エピソードとは短い区切りの出来事を指します。
エピソードの連続でストーリーは成り立っています。
そして、ストーリーを作っていく内に、敵キャラやゲストキャラが増えたりするのは、たぶん作りながらでしょうね。
でも、基本的に初めに作った設定や世界観を崩さないように作りこんでいきます。
その文章のストーリーができたら、次は簡単な下書き程度の絵コンテでコマ割りをして漫画の体裁を整えます。
それがだいたいいい感じになったら、清書前の下書きを全体的に書いて、そしたら清書でペン入れして、ベタやホワイトを入れて、セリフを書く。
という順番で作業します。
・・・たぶん合ってるはず。
違ってたらごめんなさい。