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phpMyAdminでテーブル構造などを確認したいです。ターミナル上では作れていることが確認できるのですが、phpMyAdmin上に反映されません。

MySQL | PHP6閲覧

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phpMyAdminの接続先は間違いありませんか(ポートを変えて複数のMySQLが起動しているとかはありませんか)。 また接続ユーザは root になっていますよね?config.inc.php で $cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root'; になっているか確認してください。