Aftereffectとaviutlについての質問です。

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基本的にAEとAviUtlだけでなく、連携を歌っているソフトでも無い限りは連携させることは出来ません。 異なるソフト間で素材共有をしたい場合は動画として書き出したものを使用します。 AviUtlではアルファチャンネル付きの動画を読み込むことが出来るのでアルファチャンネル付きの動画として出力したものを素材として使うのが一番無難な方法だと思います。 (私はAEでは無いですが、アルファチャンネル付きのAVIで出力した動画を編集素材として使用しています。) また、クロマキー合成には対応しているのでクロマキー合成を前提として素材を作ってそれを使うのも手です。 なお余談ですが、案外AviUtlで再現できるテキストアニメーションは多いので物によってはAviUtlで作ってしまったほうが早いこともあります。 (AviUtlで動画編集することを大前提とするならば。) また、逆にAEでテキストアニメーションを作りたいのであれば、動画編集にはPrを使ったほうが良いです。 動画に変換することで様々な編集ソフトで使用することは出来ますが、AEを使用しているのにAviUtlを使用するメリットはあまりありません。 (予算的にCCの購入が難しくAE単体で使っているので…ということであればやむをえませんが、非効率なのでAEを使うなら動画編集はPrでやった方が良いと思います。)