二次募集で仮に不利だったとしても、受験しないよりは合格の可能性はあります。 来年度に受験するということは、その市役所への志望度が高く、他はあまり考えていないとのことでしょうから、受験なさった方が良いと思います。 なお、二次募集であること自体が不利に働くのではなく、一次募集時の面接でアピールした内容と二次募集で伝える内容が、矛盾や違和感の無いように構成する手間が生じる分だけ「厄介」だということだと思います。 しっかりと対策したならば不利ということはないでしょうから、その点でも挑戦の価値はあると思います。 頑張ってください。