スクーターの場合、エンジンのセッティングがある程度固まっていないと駆動系がスパイラルになります。 基本系のエンジンがある程度出来た状態から駆動系を合わせて仕上げていくと良いかと思います。 ポイントは変速タイミングで、今より高めの回転域で変速させたいならウエイトローラーを重い物へ換えます。 逆に加速重視の場合、軽いものに交換していくのがセオリーです。 そのエンジンに駆動系を合わせて仕上げていくのがスクーターのチューニングです。 マフラーを変えたらスピードが出なくなった、というお話は、キャブレターのセッティングがずれたか、駆動系のセッティングがずれたかどちらかだと思います。 一般的に純正、純正タイプのマフラーはあまり駆動系、キャブレターセッティングが大きく変わる事はありません。 スポーツ系マフラーの場合は現車セッティングが必要だと思います。 高速域に振っている製品がほとんどなので、ポン付けだと発進加速が鈍る場合がほとんどです。 ちょうど良さそうな記事があったので添付します。