神仏分離令の目的は、神社神道を純粋化して仏教要素を排除することです 従って、神社にのみ発令されてます お寺には発令されてないので、今も神仏習合状態です 新政府（明治政府）は欧米の先進国の発展がキリスト教を事実上国教とする国家体制に理由があると見ており、日本もそれに習って神道を国教とし、天皇を頂点とする国家体制を構築すべきだと考えていたからです 純粋化された神社の神職は準公務員化されてます 神社は明治維新当時17万社もあり、多すぎて国有化出来なかったため、一村一社運動を起こして、合祀による神社の削減を実行中でした 結果、10万5千社に減少してます 廃仏毀釈は明治政府の政策では有りません キリスト教化を防ぐため、江戸幕府は寺請制度（檀家制）を強制し、全ての民に仏式の葬儀法要、仏式の墓を強制しました。神社の神職も全員です。 だから、江戸幕府＝仏教のイメージが強かったのですね 明治維新で天皇＝神道の時代が来たと認識されており、当初は藩主が横滑りして知藩事となってます。藩主たちは保身のために、天皇への忠誠を示そうと、寺の檀家から抜けて神道に改宗したりしたのを受けて、家来や領民もそれを真似て神道に改宗するものが続出した藩がいくつもあります 仏教を弾圧して僧侶を全員還俗（僧から一般人に戻すこと）させた鹿児島の事例もあります。鹿児島では一時期「寺」がなくなり、僧侶も全員還俗させて陸軍預けとしてます。 中には寺の破壊を行った藩主もおり、その空気を察して寺の破壊行動を民衆が起こしましたが、藩主も新政府の出先（当時は裁判所と言いました）も破壊行動を黙認してました 江戸時代に寺は、武家や民衆の足元を見てお布施の吊り上げなどをやっていたため、恨みを持つものが多かったと言われ、打ち壊しに参加するものが絶えなかったと言われてます これらの動きを、廃仏毀釈運動といいます 明治政府は、廃仏毀釈運動が内乱につながるをの恐れて、寺の破壊行動をやめるよう指示し、むしろ抑止・火消しに必死でした