よっぽど車が好きでスピードに応じてギアを自分で入れかえる楽しみと車の運転の奥深さに関心がある人ならメリットになります。
そうでない人はめんどくさいだけです。
特に渋滞の時はATはブレーキを踏んだり離したりするだけですが、マニュアルは半クラッチを何度も何度も操作が必要になるのでいかにマニュアルがめんどくさいのかよくわかります。
あと、車が好きな人は色々な免許が欲しくなる場合があります。例えば大型二種はマニュアル操作になります。普通車でマニュアル慣れしていればマニュアル操作の免許が取りやすくなります。
私は30年前に大型二種を取りました。バスの運転手をしていませんし、本当にマニュアルがめんどくさいので大型二種の試験車で合格してから一度もマニュアルの運転はしていません。