発光といっても蛍光です。 化学反応で光るんじゃなくて、特定波長の励起光を吸収してそれより波長の短い蛍光を発するのです。その点で同じ原理と言えます。 免疫染色で蛍光色素を使ったりしますね。それと同じこと。蛍光タンパク質は蛍光色素の一種と言えます。物質ごとにどの波長を吸収しどの波長を蛍光として発するかが違います。蛍光波長の違いにより色の違いが生じます。