昔、東京都が「東京府」の頃は「東京市」に東京府庁が置かれていました。 （元々は都道府県庁は国の役所で、 その自治体の中心地、大概は一番大きな市に置かれたいました） しかし東京市が東京府に併合され 旧東京市地域は直轄地になり 「市」という基礎自治体に当たる分類が無くなってしまいました。 こんな特異な現象になっている所は 東京都一箇所だけなので特別な例外規定が創られず、 そのまま便宜上の問題で 旧東京市街地区である「東京地区」である現東京特別23区域の事を 「東京」と呼称しているだけです。 あくまで便宜上、慣習上の事で法律上は玉虫色のまま放置してあるだけです。 これに対し はじめは単なる行政区だった東京都の「区」も 現在ではほぼ通常の基礎自治体に匹敵する権限を持つ それこそ文字通り特別な自治体「特別区」になっています。 そして「ほぼ匹敵するならそのまま市でも良いじゃないか」という意見が多く 特別区を「市」にしてしまおうと言う動きがもう何十年も前からあります。 （特別区市昇格問題） なので、この市昇格に賛成の都庁として 現行法（地方自治法）では、特に「市」限定ではなく、 広域自治体の事務所（つまり都庁）の設置場所は 都議会により自由に決める事ができる。とあるので 東京都では都庁の新宿区移転を契機に 都庁所在地は東京ではなく新宿区である。として 正式な法的手続きを行い、そう主張し始めました。 つまり新宿区は「市」と同じなんだと行動により主張しているんです。 ですので厳密な法律上は「新宿区」ですが、 慣習では今でも「東京」です。 国土地理院がそんな政治的な論議はしたくないと完全無視をしていて 地図表記などを変える気がありませんので。