質問の意味がわかりにくいですが、指定券と同時に切符を買わない意味はあるのかと言う意味でしょうか。
指定券を買う人がみな特急列車等と同じ区間しかJRに乗らないとは限りません。乗車区間が異なれば、当然指定券の購入とは別操作で乗車券のみを購入することになります。
また、特急等に乗ることは確実だが、JRに乗り始める駅は確定できないなどの理由で、予め指定券のみを買う人もいます。その場合、後刻乗車券のみを買うことになります。
それとも、乗車券は普通の券売機で買えるのになぜみどりの券売機で買うのかと言う意味でしょうか。
普通の券売機では原則として購入日から有効の近距離の乗車券しか買えません。また、クレジットカードでも買えません。
ですので、以下のような場合、みどりの券売機で買うしかありません。（もちろん窓口でも購入可能です。窓口が混んでてもみどりの券売機が使えるという意味です。）
・遠距離の切符を買う。
・その駅からの切符以外を買う。(但し、みどりの券売機では特急停車駅を2駅以上含む区間でないと買えません）
・往復乗車券など普通の券売機では買えない切符を買う。(もちろん、みどりの券売機でも買えない切符はもちろんあります。）
・翌日以降に有効開始の切符を買う。
・クレジットカードで買う。
・区間が明記された定期サイズの切符を買いたい。
＞普通の電車に乗る切符も買えるってことですか？
通常の近距離の切符も買えます。但し手順は少し複雑です。また、経路等を自分で確認しなければならないので。経路等が表示されても理解できない人には向きません。
