強化できる回数が違うからです。 個体値の差よりもPLの差の方がバトルに大きく影響します。 ポケモンGOでは攻撃の個体値が高ければCPも高い傾向にあります。 ですので、スーパーやハイパーのようにCP制限があるリーグだと強化できる回数も制限されるので、個体値100だから良い評価になるとは限りません。 例えば、今イベントで出てくるゲノセクトですが、スーパーリーグの環境では個体値100だと強化が1回しかできませんが低個体だと2回強化できるんです。この場合、PLの高い後者の方がスーパーリーグにおける評価は高くなります。 一方で、マスターリーグはCP上限がないので良個体かつPLカンストのポケモンが文句なく1番です。 下の回答者の言ってることは間違ってないですが、個体値の違いで強化回数が決まり、その1回の強化で相手の技を耐えてこちらの技を打ち込めるか、は上級者になる程シビアに考えると思います。