時は大正。主人公・竈門炭治郎（かまどたんじろう）は亡き父親の跡を継ぎ、山奥の村で炭焼きをして母と弟妹の大家族の暮らしを支えていた。炭治郎が家を空け町に炭を売りに行ったある日、家族は鬼に惨殺され、唯一生き残った妹・禰 豆子（ねずこ）は鬼と化してしまう。禰 豆子に襲われかけた炭治郎を救ったのは鬼殺隊最強剣士「柱」の一人冨岡義勇。義勇は鬼に化した禰 豆子を退治しようとするが、義勇の攻撃を兄妹で協力してかわそうとする。義勇は兄妹の絆と禰 豆子は他の鬼とは違い人間を襲わないと思い、炭治郎に禰 豆子を助ける道として鬼殺隊としての訓練を受けるように勧め鱗滝左近次（うろこざきさきんじ）に紹介状を送る。 鱗滝左近次の元、炭治郎は剣術の修行を2年行い最終試験を経て「鬼殺隊」に入隊。 浅草に出た炭治郎は家族を殺した鬼の匂いを感じ、匂いをつけ、鬼の親玉・鬼舞辻無惨（きぶつじむざん）と接触。無惨は炭治郎が鬼殺隊士と察し他人を盾に逃れる。しかし、無惨は炭治郎が耳に付けていた花札の様な飾りが気になり刺客の鬼を送る。また、炭治郎は鬼でありながら鬼舞辻を殺そうとする珠世（たまよ）に出会い。鬼舞辻無惨と配下の十二鬼月（上弦6人、下弦6人）に血を集めれば禰 豆子を人間に戻せるかもと言われる。 炭治郎は鬼殺隊同期の女好き気弱の我妻善逸 (あがつまぜんいつ)と猪仮面の嘴平伊之助（はしびらいのすけ）と合流。3人は那田蜘蛛山の戦いへ応援を命ぜられる。十数名の先遣隊は蜘蛛鬼一家の前に全滅寸前であった。炭治郎は十二鬼月下弦の伍・累と対峙する。圧倒的な強さに追いつめられるが鬼殺隊最強剣士「柱」の冨岡義勇と胡蝶しのぶに助けられる。しかし、しのぶは鬼の禰 豆子にも襲いかかり義勇に阻まれ、鬼を庇った炭治郎と義勇は戒律違反と叫ぶ。 炭治郎と禰 豆子は「柱」9人による「柱合裁判」に掛けられる。義勇以外は禰 豆子の処刑。炭治郎や義勇の処分も求める柱もいた。そこに鬼殺隊元締で「お館様」と言われる産屋敷耀哉が登場。「お館様」は禰 豆子が人間を襲ったら鱗滝左近次と冨岡義勇が切腹する嘆願書を受け取り黙認していた。鬼舞辻無惨が炭治郎と禰 豆子を抹殺する事で動き出したのでおとりにつかえる。などを理由に柱達に禰 豆子を殺さない同意を取り付ける。 那田蜘蛛山の戦いで大怪我をした炭治郎、善逸、伊之助の3人は胡蝶しのぶの「蝶屋敷」で治療を受ける。3人は治療が進む中、回復訓練で「全集中・常中」の会得を目指す。 一方、鬼舞辻無惨は鬼の巣窟無限城で下弦の伍・累がやられた事に怒り下弦の鬼は使えないと殺し始める。最後に残った「下弦の壱」眠り鬼・魘夢は殺されに笑っていた。無惨は魘夢に見込を感じて最後のチャンスを与える。 「全集中・常中」を会得した炭治郎達は次なる無限電車の任務に向かい。劇場版「無限電車」に続く。