車種同士の比較よりも、「どこで車検を受けるか」によって違います。
一般の整備工場や車検専門店であれば、両車の車検費用は大差は無いはずで、ディーラーで受けた場合に差が発生します。
トヨタディーラーとレクサスディーラーでは、同じ作業を行っても作業工賃(作業時間当たり単価)の設定はレクサスの方が割高です。
さらに、レクサスディーラーでは障害等を未然に発生させない、という観点から、消耗品や部品交換を勧めてくる事が多いです。
ちなみに私はNXガソリン車を所有しており、今年3年目の車検をディーラーで受けていますが、
・法定費用
・作業費用
・G-Link更新料
・ナビ地図データ更新料
・レクサスケアメンテナンスプログラムⅡの契約料(2年)
に加えて、バッテリー交換を推奨されて、行なった結果、31万円掛かりました。
一般整備工場で行なえば、法定費用、作業費用のみで済みますよね。