どちらも大学を卒業するわけですし、学士の学位も得られるので、自分の学びたいことが学べる学校に通えるほうで、自分の生活が無理にならないほうが、良いですね。
専門学校が通学制の昼間でも夜間でも、あるいは通信制でも、同時に大学に在籍するとなるとほぼ通信課程になりますが、大学の通信課程は学べる分野が限られます。
また、専門学校と大学の勉強を両方行い続けることになるので、自分の生活の中の限られた時間をかなり占めることになるので、大変です。
そのため、専門学校卒業後に大学(通学課程でも通信課程でも)に通って卒業するほうが選択肢も多いでしょうし、時間的負担も大きくはならないでしょう。ただ、学士の学位を得られるまで時間がかかります。