予選は時間オーバーすると警告音が鳴り強制終了します。決勝では強制終了はありません。ちなみに、警告音を敢えてネタの締めとして狙って使うコンビもいます。今年の金属バットとハライチあたりが狙ったのかそうでなかったのかは不明。
時間オーバーしても失格になりません。過去にも準決勝で南海キャンディーズが時間オーバーのため強制終了になりましたが失格にはなりませんでした。
しかし、第5回だけは時間オーバーに対して減点する制度がありました。これは第4回で笑い飯が6分半ぐらいネタをやっちゃったからです(審査員にしっかり怒られたし、お偉いさんが裏で「あいつらは失格だ!」とめちゃくちゃ怒ってたらしい)。しかしそれ以降は減点ルールは無くなっています。つまり和牛はシンプルにとろサーモンに漫才で負けてます。
決勝では暗黙の了解として芸人がスタッフ側から5分までならOKと言われてます。これは2019年にミルクボーイが優勝後のインタビューで明言しています。
時間制限については予選は厳しく、決勝ではやや緩めです。これはM-1ファイナリスト常連のコンビがラジオで言っていたかな。M-1という大会は芸人ファーストなので、長尺得意なコンビと短尺が得意なコンビ双方に不利にならないようにしているとかなんとか。
以上はほぼ確実な情報かなと思います。以下は私見です。
個人的には、4分という漫才としては短すぎる尺に対してちょっとでもオーバーするとキレる人の気持ちはあんまり分からないかな。漫才なんだから、って思います。漫才だから、運営側も「暗黙の了解で5分までok」というややこしいことしてるんだと思うし。時間オーバーしたら減点する制度を作って、また無くしたということはそういうことだと思ってますけどね。