お使いのEDIシステムが電子帳簿保存法の求める要件を満たしているか、をまずご確認ください。 満たしていればPDF化不要、満たしていなければ必要、です。 そのEDIシステムが従前から法改正に対応して常にアップデートしているようでしたら、簡単な確認で大丈夫と思います（改正電子帳簿保存法対応、と明示されている場合もあります）。そうでないのでしたら、詳細に確認することをお勧めします。