医療費控除で、戻ってくる還付金額が納付した所得税額、6月から納付予定の住民税額を超える場合、超えた分は戻ってこないのでしょうか?

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医療費控除(確定申告)で戻ってくる還付金は令和3年1月~12月に源泉徴収で支払ってきた税金が戻ってくるもの。これは国(税務署)から戻ってきます。 地方税は令和3年1月~12月の所得から税額が計算されて令和4年に役所に払うもので還付はありません。

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そうですね。 医療費控除は所得控除ですから、納めた税額以上の還付はありません。 なお、住民税は後払いなので、もともと還付はありません。 6月からの住民税が安くなるだけです。