根を剪定するのであれば、地上部分の枝葉も切り取った根に見合っただけ剪定をするのが普通です。 柑橘類は、地温が12℃を下回りますと、根は休眠しています。 今の時期では、可能で有れば、その儘に増し鉢しては如何ですかね。 着蕾しているとすれば、根を切れば蕾は落ちるでしょうね。