元々は全滅エンドも立案されていたらしいですが、流石にそれは救いがないということでああなったそうです。 SEED云々は別として、単純にあのエンドが作品を締めるうえでベストだと判断したんじゃないですかね。 声優の河西さんは、多くの人の人の命を奪っておいて自分は暖かい家庭でのんびりというわけにはいかないだろうし、まあ仕方ないという感じのことをラジオで仰っていました。 そもそもこの作品は新選組をモチーフにしており、最初から敗北エンドになることは決まっていたそうなので、そもそもある程度の批判は覚悟で作ったんじゃないかと思います。 それでも希望のある終わらせ方をしたとのことらしいですが。