気圧が急に変化する際に内耳側と外耳側で圧力差が生じ、鼓膜が圧迫される事で起こります。
専門的には「耳閉塞感」と言います。
空気は必ず圧力が高い方から低い方へ移動しようとします。
飛行機が上昇すると機内の気圧が低下する事で内耳側の圧力の方が高くなり、鼓膜が外側へ引っ張られます。
そうすると鼓膜にテンションが掛かって震えにくくなり、音が聞こえづらくなります。
上空で耳抜きをして圧力差を無くした後、今度は飛行機が高度を下げると機内の圧力が高くなっていき、また内耳と外耳の圧力差が生じていきます。
今度は鼓膜が内側に引っ張られて同様に音が聞こえづらくなります。
個人差はありますが、圧力差が大きくて鼓膜に掛かるテンションが大きくなると痛みを伴う場合があります。