質問者様と先方の関係やメール内容にもよりますので失礼かどうかは一概に言えませんが、通常は「お忙しいので返信は不要です」とは”気遣い”からの「要りませんよ」との意味であり、「返信してはいけない」との意味ではないので、「分かりました・ありがとうございます。よろしくお願いいたします」など”簡潔”な返信にて締め括ると良いです。