生命体が生まれる前の原初の地球に、二つの卵が落ちてきました。 一つ目の「白き月」は現在の南極の位置に落下。そこから生まれた第１使徒アダムは「生命の実」を持っており、自らが生み出した生命体にそれを与えました。 「生命の実」を得た生命体は永遠の命を持つ代わりに、繁殖せず、知恵も持たない生命体になりました。 これが第３使徒～第１６使徒です。 ところが、あとからもう一つの卵「黒き月」が現在の箱根の位置に落下してきました。 落下の衝撃はすさまじく、地球からめくれ上がった地殻が集まって、やがて月になりました。この月の起源（ジャイアント・インパクト）と言われる大災害がファースト・インパクトです。 そして、この大災害を耐え抜くために、アダムとその子らは長い休眠状態に入りました。 「黒き月」から生まれた第２使徒リリスは「知恵の実」を持っていました。リリスの生み出した生命体は「知恵の実」の力で、命が有限である代わりに、繁殖して増えていき、知恵を継承していく生命体になりました。 リリスの子らは進化を重ね、やがて知恵を持つ者たちが生まれました。 リリスを親とする第１８使徒リリン。つまりヒト（人類）です。 時が過ぎ、西暦２０００年。人類は南極で「白き月」と、その中に眠るアダムを発見します。 様々な調査・実験が行われ、その中に「ロンギヌスの槍」でアダムのＡＴフィールドを中和して、ヒトの遺伝子と融合させるという試みがありました。 ロンギヌスの槍は「白き月」と「黒き月」どちらかに搭載されていたか、それらとは別に地球にやってきた、原初の時代の遺物です。 この槍は実体化したデストルドー（原初の状態に還りたいという欲求・死への欲求・破壊衝動）そのもので、リビドー（生きようとする意思・自分を定義し他人と区別しようとする欲求）の産物であるＡＴフィールド侵食・中和する性質があります。 アダムとリリスには、自分の子らの進化形と融合することで、その子の望む形に世界を作り変えようとするす習性があります。 アダムの肉体が、リリスの子であるヒトと融合したため、その瞬間アダムが覚醒。ロンギヌスの槍に貫かれていたアダムは強烈なデストルドー（無に還ろうという欲求）に突き動かされ、アンチＡＴフィールドを拡げて地球上の生命体のリセットを始めようとします。 このときアダムを幼児の状態にまで戻すことで被害を最小限に抑えたものの、発生した余剰エネルギーは地軸を揺るがすほどの大災害を引き起こしました。 これがセカンド・インパクトです。 このときヒトという可能性を得たことで、アダムは１５番目の子供を遺しています。第１７使徒であるタブリス（渚カヲル）です。 なんとか急場はしのいだものの、アダムのオリジナルは消滅。しかも、ある条件のもとにアダムの子らが覚醒してしまう状況になってしまいました。 その条件とは、アダムの専売特許である「生命」の領域に手を出すことです。 人類が知恵（科学）の力で生命の謎を解き明かそうとすれば、使徒が覚醒して人類を滅ぼしにかかります。人類の文明は、今以上に科学を発展させることが許されない、進化の袋小路に陥ってしまいました。 これを打開するため、残されたアダムのサンプルから使徒と同等の力を持つ存在を生み出そうという試みが開始されました。 これがエヴァンゲリオンです。 細胞サンプルからアダムを再生させるのは時間がかかるため、まずはアダムと同質の存在リリスで実験が行われました。 その過程で生まれたのが試作型の零号機と、試験型の初号機です。弐号機以降のエヴァシリーズは再生アダムから造られています。 人類の起源を知る組織ゼーレは、人類が「知恵」を得たことを原罪と考え、再生アダムの力を用いて地球上の全生命体をリセットした上で、人類は「知恵の実」と捨てて「生命の実」のみを持つ、単体の生命体として新生させようと考えました。 またこれは、いつまでも互いを傷つけ合う存在である人類への救済になるとも認識していました。 これが人類補完計画です。 一方のゲンドウは、そのような計画をゼーレに提案し、実行者となった上で、まったく別の計画を練っていました。 自らの肉体を再生アダムと同化させ、リリスと融合することで「生命の実」と「知恵の実」の両方を持つ、禁断の究極の生命体になろうと言うものです。 その目的は、自らの意思で初号機の中に魂を取り込ませた妻ユイにもう一度会うことと、他人の心という恐怖心から逃れることです。 ゼーレの原動力は「人類の種としての贖罪」と「人類の心の救済」。 ゲンドウの原動力は「妻との再会」と「『他人』の消滅」です。 両者の目的は、目的のためのエヴァシリーズの使用、およびアダムの子（使徒）の殲滅という点で共通していたため、そこまでは協力。以後ゲンドウはゼーレを裏切って行動を開始し、ゼーレも計画の変更を余儀なくされながらも人類の補完に向けて活動を開始しました。